O convento de Santa Cruz foi fundado pelo lamecense, Doutor Lourenço Mourão Homem, tendo sido lançada a primeira pedra em 1596. Os seus restos mortais, encontram-se numa cavidade na parede do lado direito da Capela-mor da Igreja, coberto com azulejos, inseridos no conjunto que cobre toda esta parede, referindo o seu nome e com uma curiosa frase em latim: “TVMVLO DO D(O)VTOR LOVRENSO MOVRÃO HOMEM IVRA DABAM DVM VITA COMES; NVNC HORRIDA MORTIS IVRA FERO PARVO CONDITVS HOC TUMVLO” (As leis dava eu, enquanto a vida por companheira; agora as horrendas leis da morte eu as suporto, encerrado neste pequeno túmulo). Este túmulo foi redescoberto, quando na década de 70 do século passado, se procedeu à manutenção e conservação dos azulejos, tendo-se removido da capela-mor um cadeiral que o escondia e que agora se encontra no coro alto da igreja.
Esta Igreja da Diocese de Lamego, está afecta ao Ordinariato Castrense desde 1972, a pedido do então Vigário Geral Castrense, Bispo de Madarsuma, D. António dos Reis Rodrigues, feito ao Arcebispo-Bispo de Lamego, D. António Xavier de Castro Monteiro que anuiu, depois de consultar os corpos directivos da então Irmandade de Nossa Senhora da Conceição cujo juiz era o Capitão Teixeira da Costa, oficial do CIOE. Hoje também é a sede da Irmandade Militar de Nossa Senhora da Conceição, continuadora da primeira. Os frades lóios ou Cónegos Seculares de S. João Evangelista, também conhecidos pelos padres ou frades azuis, devido à cor dos seus hábitos religiosos, ocuparam-no de 1632 a 1834, tendo sido o mais importante convento de Lamego durante o século XVIII. De essencial, possui a igreja belos altares de talha dourada; ricos painéis cerâmicos do século XVIII, com destaque para os que revestem as paredes do transepto, representando episódios da vida de São Bento de Núrcia (lado do Evangelho) atribuídos a Policarpo Bernardes que relatam a passagem daquele monge nas grutas de Subiaco e cenas da construção do Mosteiro de Monte Cassino, em Itália. Os que se encontram no lado oposto referem-se à vida de Santo António, com várias cenas, salientando-se a do “Sermão aos Peixes”, de fábrica lisboeta e autor desconhecido; um retábulo seiscentista da capela-mor; duas arcas tumulares em granito, sobrepostas de estátuas jacentes, que se encontram nos topos do transepto, pertencendo a do lado sul a D. João de Brito Vasconcelos, 18º Bispo de Angra, e a do lado norte ao Frei D. Manuel Pinto da Fonseca, Cavaleiro de Malta, Bailio de Acre, tio de um dos maiores Grão-mestres daquela Ordem e que tinha o seu nome: Frei Manuel Pinto da Fonseca. Governou a “Religião do Hospital” para cima de 30 anos. Está sepultado num magnífico mausoléu, na co-Catedral de S. João, em La Valetta, na Ilha de Malta.
No transepto encontram-se dois altares, tendo o do lado esquerdo uma bonita imagem de Santo António de Lisboa com o Menino Jesus e com uma sacola de pão, imagem do Séc. XVII e, o do lado esquerdo o altar de Nossa Senhora da Piedade, com uma imagem também do Século XVII e uma outra do Senhor dos Passos e, sob o altar uma terceira imagem, esta do Senhor Morto. Na nave da Igreja, encontram-se cinco capelas, relevando apenas uma, onde tem lugar a cerimónia de investidura de novos membros na Irmandade Militar de Nossa Senhora da Conceição: é ao Capela de Nossa Senhora da Conceição.
É uma jóia de talha, onde se encontram torcidas colunas ornamentadas por motivos vegetais, uma profusão de anjos crianças, um baldaquino solene, sanefas – tudo trabalho em madeira. Nas paredes laterais tem quadros pintados evocativos dos apóstolos e as excelências de Nossa Senhora.
