A Igreja existente é o que resta do convento que foi erigido em 1599. Sofreu alterações no séc. XVII e mais tarde um hospital militar viria a ocupar parte do templo.
Depois de um incêndio na rua de Almacave, a entrada sofreu, em 1916, importantes alterações. Dentro da Igreja realce para uma imagem de Nossa Senhora (séc. XVI), esculpida em madeira, merecendo especial destaque o quadro do altar-mor, magnífica pintura do séc. XVII, alusivo à morte de S. Francisco.
Na sacristia é digno de admirar o vistoso paramenteiro com os quadros alusivos à vida de S. Francisco, bem como a pintura do teto.
Na capela da Senhora das Dores podemos admirar um belo portão de ferro datado de 1803, bem como painéis de azulejos alusivos à paixão de Cristo.
